医疗器械出口东南亚是否需要缴纳关税，取决于多个因素，包括目标国家的进口政策、医疗器械的类别、双边或多边贸易协定等。

首先，不同的东南亚国家可能有不同的进口政策，包括关税调整、进口配额限制、非关税壁垒等。这些政策会直接影响医疗器械的进口成本和市场准入。因此，企业在出口医疗器械到东南亚国家之前，需要深入了解目标国家的进口政策，以便制定合理的出口策略。

其次，医疗器械的类别也可能影响关税的缴纳。一般来说，高风险或高附加值的医疗器械可能会面临更高的关税。同时，如果医疗器械属于特定行业或用途，可能还会有特殊的进口要求或关税政策。

此外，双边或多边贸易协定也可能对医疗器械的关税产生影响。如果中国与目标东南亚国家之间存在贸易协定，那么医疗器械的出口可能享受一定的关税减免或优惠待遇。

综上所述，医疗器械出口东南亚是否需要缴纳关税，需要企业根据具体情况进行判断。在出口前，企业应充分了解目标国家的进口政策、医疗器械的类别以及相关的贸易协定等因素，以便制定合理的出口策略和预算。同时，企业也可以咨询的贸易顾问或机构，以获取更准确的指导和建议。