治疗肺动脉栓塞的常用药物主要包括以下几类：

抗凝药物：口服或静脉注射抗凝剂可以防止血栓增大，阻止新血栓形成。常用的抗凝药物有华法林、普通肝素、低分子肝素、磺达肝癸钠、华法林、达比加群酯、利伐沙班、阿哌沙班、阿加曲班、比伐卢定等。不同患者抗凝治疗的持续时间不同，需严格遵医嘱执行。使用抗凝药物应注意的不良反应即为出血，需注意监测。

溶栓药物：使用药物为急性肺栓塞患者进行溶栓治疗，可以有效降低死亡率。一般来说，溶栓治疗主要适用于有明显呼吸困难、胸痛和低氧血症等症状的高危病例。但溶栓治疗的指征、禁忌证及具体治疗方案较为复杂，患者需听取医生的意见。常用溶栓药物有尿激酶、链激酶和重组组织型纤溶酶原激活剂等。与抗凝药物相同，溶栓治疗的主要并发症也是出血。

利尿药物：对于合并右心功能不全或是水肿的肺动脉高压患者，初始治疗应给予利尿药，以减少体液潴留，缓解水肿症状。

强心药物：可以增强心肌收缩力，改善心脏功能。常用的强心药物有地高辛等。

扩血管药物：可以扩张肺血管，降低肺动脉压，改善肺循环。常用的扩血管药物有硝苯地平等。

需要注意的是，以上药物仅供参考，具体治疗方案和用药应该在医生的指导下进行。同时，在用药期间应定期监测凝血功能、肾功能等指标，避免出现不良反应。