在澳门注册医疗器械与内地注册医疗器械存在几个主要的不同点：

首先，法规体系和监管机构方面，澳门作为中国的一个特别行政区，拥有相对独立的法规体系。因此，在澳门注册医疗器械需要遵循澳门的医疗器械管理法规，并由澳门的监管机构负责审批和管理。而内地则遵循国家统一的医疗器械管理法规，由国家药品监督管理局（NMPA）负责监管。

其次，注册流程和要求上，澳门的医疗器械注册流程可能相对灵活，但同样需要提交详尽的注册资料，包括产品技术资料、质量管理体系文件等。而内地的医疗器械注册流程则更为严格和标准化，需要按照NMPA的要求准备和提交注册资料，并经过严格的审核和审批程序。

另外，在市场准入标准上，澳门和内地也可能存在差异。尽管两地都遵循一定的质量和安全标准，但澳门可能根据自身情况和需求制定特定的准入要求。

后，在代理人要求方面，由于澳门和内地的法规体系不同，对于代理人的选择和资质要求也可能有所不同。在澳门注册医疗器械，可能需要选择当地的授权代表或代理人协助完成注册流程，而在内地则通常需要选择在中国境内设立的注册代理人来协助申请。

总结来说，澳门和内地在医疗器械注册方面的主要区别在于法规体系、监管机构、注册流程、市场准入标准和代理人要求等方面。这些差异使得在两地进行医疗器械注册时需要遵循不同的规定和程序。因此，在进行医疗器械注册时，建议申请人仔细研究当地的法规和政策，并咨询相关监管部门或顾问，以确保按照正确的流程进行注册。