CE认证和ISO认证在多个方面存在显著的区别。

首先，两者的认证目的不同。CE认证主要证明特定产品特性符合特定的要求，确保产品符合欧盟的安全、健康与环境保护法规，从而使其能够在欧洲市场自由流通。而ISO认证则更侧重于证明企业建立了符合要求的管理体系，确保企业内部运作的高效与合规。

其次，两者的认证对象也不同。CE认证的对象是特定规格型号的产品，关注产品本身的质量和安全性。而ISO认证的对象则是企业的管理体系，包括其质量、环境、职业健康安全等多个方面，关注的是企业整体的管理水平和持续改进的能力。

此外，两者的认证标志和依据也存在差异。CE认证的标志应加施在通过认证的产品上，而ISO体系认证的认证标识不能用在产品上。在认证依据上，CE认证针对不同种类产品使用不同的认证标准，而ISO体系认证的认证标准是统一的，适用于所有寻求认证的企业。

总的来说，CE认证和ISO认证虽然都是用于标志产品或企业符合相关的法律法规和要求，但它们的认证目的、对象、标志和依据都各有不同。企业可以根据自身的需求和目标市场的要求，选择适合的认证方式。