是的，东南亚注册医疗器械通常需要CE认证。CE认证主要基于产品的安全性和基本性能，是医疗器械在欧洲市场上销售的通行证。虽然东南亚各国的医疗器械注册和监管标准可能因国家而异，但通常都会参考，如ISO标准和欧洲CE认证要求。制造商或供应商在申请注册时，需要提供技术文件和相关证明文件，其中CE认证是重要的一环。

需要注意的是，除了CE认证，制造商可能还需要准备详细的产品技术文档，提交符合性声明，提供临床数据，以及建立和维护质量管理体系等。这些都是为了确保医疗器械的质量和安全性，以满足东南亚各国的法规和标准。

因此，如果制造商计划在东南亚注册医疗器械，建议提前了解目标市场的具体要求和流程，并咨询当地的法规顾问或医疗器械注册机构，以确保合规并顺利进入市场。