临床试验申请表和医疗器械注册申请表的难度都有其独特性，因此难以直接比较哪个更难。

医疗器械注册申请表的填写需要申请人对产品的详细信息有全面的了解，包括产品的名称、型号、规格、结构及组成等，同时还要提供企业的相关资质和证明文件。这一过程的难度在于确保所有信息的准确性和完整性，以及符合相关法规和标准的要求。

而临床试验申请表的难度则主要体现在临床试验的复杂性和严谨性上。临床试验需要在人体上进行，因此需要严格遵循伦理和法规要求，确保受试者的权益和安全。同时，临床试验还需要设计合理的实验方案，收集和分析数据，以评估医疗器械的安全性和有效性。这一过程的难度在于确保试验的科学性、可靠性和合规性。

综上所述，无论是医疗器械注册申请表还是临床试验申请表，都需要申请人具备的知识和技能，并严格按照相关法规和标准进行操作。因此，它们的难度都有其独特性，难以直接比较。