医疗器械注册申请表的提交部门主要取决于医疗器械的类型和国产或进口情况。

对于境内的医疗器械，注册申请表的提交部门会根据医疗器械的分类有所不同。通常，国产类医疗器械的注册申请会向市级食品药品监督管理部门提交；第二类医疗器械的注册申请会向省级食品药品监督管理部门提交；而第三类医疗器械的注册申请则会直接向国家食品药品监督管理总局提交。

对于进口医疗器械，无论其分类如何，其注册申请都应直接向国家食品药品监督管理总局提交。

请注意，具体的提交部门和流程可能会根据新的法规和政策有所变动。因此，在准备提交医疗器械注册申请表之前，建议申请人先查阅新的相关法规和政策，或者咨询的医疗器械注册咨询机构或律师，以确保申请表的正确提交和流程的顺利进行。

此外，提交医疗器械注册申请表只是整个注册流程的一部分，后续还需要经过资料审核、实质审查等环节。申请人需要做好充分的准备，确保所提交的资料完整、准确，符合相关法规和标准的要求。