三类医疗器械FDA认证的难度相对较高，这主要是因为三类医疗器械通常属于高风险产品，对安全性和有效性的要求非常严格。

首先，三类医疗器械需要经过更为严格的技术评估和审查，包括详细的技术文件审查、临床试验数据评估等。这些评估过程需要投入大量的人力、物力和时间，且要求申请人提供充分、准确、可靠的证据来证明产品的安全性和有效性。

其次，FDA对三类医疗器械的临床试验数据要求非常高，需要申请人进行大规模、长期的临床试验，以充分证明产品的安全性和有效性。这些临床试验不仅需要投入大量的资金和资源，还需要严格遵守FDA的临床试验规范和要求。

此外，FDA还会对申请人的质量管理体系、生产能力、设施等进行严格的现场检查和评估，以确保申请人具备生产符合FDA要求的产品的能力。

因此，三类医疗器械FDA认证的难度相对较高，需要申请人具备强大的技术实力、丰富的临床经验和严格的质量管理体系。同时，申请人还需要与FDA保持良好的沟通和合作，以确保申请过程的顺利进行。