二类医疗器械注册在不同地区的主要区别可能体现在注册申请的受理机构和注册流程上。

根据《医疗器械监督管理条例》的规定，第二类医疗器械是指具有中度风险，需要严格控制管理以保证其安全、有效的医疗器械。对于境内二类医疗器械，注册申请人应当在所在地省、自治区、直辖市人民政府药品监督管理部门进行注册。而对于进口二类医疗器械，注册申请人需要委托境内的企业法人在国家药品监督管理局（NMPA）进行注册。

在注册流程上，不同地区可能会有一些细微的差别，但大体上都包括提交注册申请资料、资料审核、现场检查、审批等环节。注册申请人需要提交相关的技术文件、临床试验数据等，并经过严格的技术评审和审核，获得注册证书后方可在中国市场上销售和使用。

以上信息仅供参考，如有需要，建议咨询当地药品监督管理部门或律师。