二类医疗器械在国内注册时，可能会遇到以下一些常见问题：

技术要求与标准不符：企业在申报二类有源医疗器械注册时，需要确保产品技术要求符合国家相关标准和规定。如果技术要求与标准不符，注册申报可能会被拒绝。

资料准备不全或不符合要求：申请人在提交注册申请时，必须提供完整且符合要求的资料。如果资料缺失或不符合要求，可能会导致注册流程被延误或拒绝。

产品分类不明确：申请人应首先确定自身产品的管理类别，并与分类目录及调整文件中的描述进行对比。如果产品分类不明确，可能会影响注册申请的受理和审批。

注册流程不熟悉：由于二类医疗器械注册流程相对复杂，如果申请人对流程不熟悉，可能会导致在申请过程中遇到各种困难和问题。

临床评价资料问题：对于需要进行临床评价的医疗器械，申请人需要提供充分的临床评价资料。如果临床评价资料不足或不符合要求，可能会影响注册申请的审批。

生产许可证问题：对于申请生产型二类医疗器械的企业，必须提供有效的医疗器械生产许可证。如果企业没有生产许可证或生产许可证已过期，可能会影响注册申请的受理。

检测报告问题：申请人需要提供相关的检测报告，以证明产品的安全性和有效性。如果检测报告不符合要求或缺失，可能会导致注册申请被拒绝。

知识产权问题：如果产品涉及专利、商标等知识产权问题，申请人需要确保拥有相应的知识产权或已获得授权，以避免在注册过程中产生纠纷。

为了避免以上问题，建议申请人在进行二类医疗器械注册前，充分了解相关政策和要求，咨询机构或律师的意见，并严格按照要求准备和提交申请资料。