注册日本医疗器械需要准备的材料主要包括以下几个方面：

产品描述和规格：详细描述医疗器械的名称、型号、规格、预期用途、分类（如I类、II类、III类等）以及JMDN（医疗器械唯一识别码）编码。

技术文件：

设计资料：包括医疗器械的设计原理、构造、材料、制造工艺等详细信息。

性能规格：明确列出医疗器械的性能指标和规格。

安全性评估：对医疗器械进行安全性评估，并提供相关评估报告。

临床试验数据（如果适用）：对于需要进行临床试验的医疗器械，需要提供临床试验的设计方案、试验数据以及临床试验报告。

质量管理体系文件：提供符合日本法规要求的质量管理体系文件，包括质量控制流程、生产过程控制、原材料控制等。

标签和说明书：提供医疗器械的标签和使用说明书，确保清晰、准确，并符合日本相关法规的要求。

其他认证和许可：如果医疗器械在其他国家已经获得了认证或许可，可以提供相关的认证证书或许可文件。

其他相关文件：根据PMDA的具体要求，可能需要提供其他相关文件，如ISO认证、材料成分分析报告等。

请注意，以上材料仅为一般性的指导，具体要求可能因产品特性和PMDA的新规定而有所不同。在准备申请文件之前，建议您仔细研究PMDA的官方指南和要求，或咨询的医疗器械注册服务机构，以确保您的申请文件符合规定。