医疗器械出口东南亚是否需要缴纳关税，主要取决于出口产品、进口国的关税政策以及双边或多边贸易协定。

首先，不同类别的医疗器械可能面临不同的关税待遇。一般来说，进口国会根据医疗器械的类型、用途和价值等因素设定相应的关税税率。

其次，进口国的关税政策是影响关税征收的关键因素。每个东南亚国家都有自己的关税政策，包括关税税率、免税额度、特惠协定等。这些政策会根据国家经济情况、产业发展需求等因素进行调整。因此，企业在出口医疗器械前，需要了解目标市场的关税政策，以便制定合适的出口策略。

此外，双边或多边贸易协定也可能对关税产生影响。如果中国与东南亚国家之间存在相关的贸易协定，医疗器械的出口可能享受一定的关税减免或优惠待遇。

总的来说，医疗器械出口东南亚是否需要缴纳关税是一个复杂的问题，需要根据具体情况来判断。企业在出口前应进行充分的市场调研，了解目标市场的关税政策、市场需求和竞争情况，以便制定合理的出口计划和定价策略。同时，企业也应关注相关贸易协定的进展，以利用可能的关税减免或优惠待遇。