在二类医疗器械CE认证的审核过程中，如果发现风险，是否能通过认证取决于该风险的性质、严重程度以及制造商所采取的风险管理措施。以下是对此问题的详细分析和归纳：

风险识别与评估：

在审核过程中，认证机构会对技术文件、质量管理体系、生产现场等进行全面的评估，以识别可能存在的风险。

风险识别后，认证机构会进一步评估风险的严重性，包括对产品安全性、有效性的潜在影响。

风险管理与控制措施：

如果识别出风险，制造商需要提供详细的风险管理计划和措施，说明如何降低或消除这些风险。

风险管理措施可能包括设计改进、生产工艺调整、增加测试项目等。

制造商应确保所采取的风险管理措施能够有效降低风险至可接受水平。

认证机构的决策：

认证机构会根据风险的性质和严重程度，以及制造商所采取的风险管理措施，来评估产品是否仍符合CE认证的要求。

如果认证机构认为风险可控且产品仍符合相关法规和标准的要求，那么产品可能仍能通过认证。

然而，如果认证机构认为风险过高或制造商未能采取有效的风险管理措施，那么产品可能无法通过认证。

后续行动：

如果产品未能通过认证，制造商需要根据认证机构的反馈进行改进，并重新提交申请。

在重新提交申请前，制造商应确保所有风险已得到妥善处理，并采取了相应的预防措施，以防止类似问题再次发生。

注意事项：

在整个审核过程中，制造商应与认证机构保持密切沟通，确保及时了解审核进展和存在的问题。

制造商应确保技术文件的准确性和完整性，并提供充分的证据来支持产品的安全性和有效性。

制造商应持续关注相关法规和标准的变化，确保产品始终符合新的要求。

综上所述，在二类医疗器械CE认证的审核过程中，如果发现风险，是否能通过认证取决于风险的性质、严重程度以及制造商所采取的风险管理措施。制造商应积极应对风险，与认证机构保持沟通，并采取有效的风险管理措施来降低风险至可接受水平。