二类医疗器械生产许可证的申请流程如下：

申请人向国家药监局提交申请资料。

国家药监局对申请资料进行审查，符合要求的予以受理。

审查组对申请资料进行现场核查，并对产品进行抽样检测。

审查组出具审查报告，并提出是否给予批准的建议。

国家药监局根据审查报告决定是否给予批准，并颁发医疗器械生产企业许可证。

以上申请流程仅供参考，不同地区和产品的具体流程可能会有所不同。建议企业咨询当地相关部门或人士，以获得更准确的信息和指导。