进口医疗器械在巴西销售代理的缺点主要包括以下几个方面：

与代理合作需要支付一定的代理费用，这通常包括注册费、代理佣金、市场调研费等。这些费用可能会增加进口商的整体运营成本，对利润产生一定影响。因此，在选择代理时，进口商需要仔细评估代理费用的合理性，并确保这些费用不会过分压缩其利润空间。

与代理合作意味着进口商在某些方面可能会失去对销售过程的直接控制。例如，代理可能会决定与哪些分销商合作，如何定价和销售产品，以及市场推广策略等。这可能会使进口商难以完全按照自己的意愿来管理市场，从而影响其市场战略的有效实施。

代理是进口商在巴西市场的重要合作伙伴，但其表现和服务质量直接影响到进口商的市场表现和品牌形象。如果代理的服务质量不佳或出现问题，如注册延迟、市场反应不佳或客户关系破裂等，进口商可能会受到严重影响。这种依赖性风险要求进口商在选择代理时必须谨慎，并与其建立长期稳定的合作关系，以降低潜在风险。

在某些情况下，代理可能会保留某些市场信息的透明度，以保护自己的利益或与客户竞争。这可能会使进口商难以获得全面的市场洞察和反馈，从而影响其市场决策的准确性和有效性。为了缓解这一问题，进口商可以与代理签订明确的合作协议，规定信息共享的范围和方式，以确保双方能够保持良好的沟通和合作。

医疗器械市场的变化快速且复杂，长期与代理合作需要双方不断适应和调整。这包括法规变化、市场需求变化、技术更新等多个方面。如果代理无法跟上这些变化，或者进口商与代理之间的合作出现问题，可能会对双方的合作关系产生不利影响。因此，进口商需要与代理保持密切的沟通和合作，共同应对市场变化和挑战。

综上所述，进口医疗器械在巴西销售代理的缺点主要涉及代理费用、控制权减弱、依赖性风险、信息透明度问题和长期合作挑战等方面。进口商在选择代理时需要综合考虑这些因素，并制定相应的应对策略以降低潜在风险。同时，与代理建立长期稳定的合作关系对于进口商在巴西市场的成功至关重要。