二类进口医疗器械备案证明的申请流程包括以下几个步骤：

准备申请材料：申请人需要准备相关的申请材料，包括企业基本情况介绍、产品信息、经营设施和设备目录、质量管理制度等。申请材料需要真实、准确、完整，符合相关法律法规的要求。

网上申报：申请人需要在所在地食品药品监督管理部门网站上进行网上申报，填写申请表格，上传相关材料。

受理：所在地食品药品监督管理部门会对申请人提交的申请材料进行核对和登记，并作出受理或不予受理的决定。

审核：所在地食品药品监督管理部门会对申请材料进行审核，并对申报单位和材料进行审查及现场核查，作出通过或不予通过的决定。

颁证：如果审核通过，所在地食品药品监督管理部门会对符合规定的单位准予许可并颁发备案凭证。

需要注意的是，具体的申请流程可能会因地区和不同的产品而有所不同。因此，在申请二类进口医疗器械备案证明时，需要仔细了解当地的法规和规定，并按照要求准备相应的申请材料。同时，还需要注意及时跟进新的法规和规定，确保合规经营。