III类医疗器械的审批主要在国家药品监督管理局（NMPA）进行。具体来说，从事第三类医疗器械经营的企业，应当向所在地设区的市级人民政府负责药品监督管理的部门申请经营许可。这程遵循《医疗器械监督管理条例》的相关规定。

审批过程中，企业需要提交符合条例要求的申请资料，包括与经营规模和经营范围相适应的经营场所和贮存条件证明，以及与经营的医疗器械相适应的质量管理制度和质量管理机构或者人员的相关文件。受理经营许可申请的负责药品监督管理的部门会对申请资料进行审查，必要时会组织对申请企业的实际场地进行勘察，以及对所经营的医疗器械产品进行审核。

整个审批流程大致包括以下几个步骤：

提交申请：企业通过医疗器械注册电子申报信息化系统提交申请资料，无需提交纸质资料（或纸质资料需与电子申报目录形式一致，并提交相应资料电子文档）。

资料审查：NMPA或其委托的技术审评中心对申请资料进行审查，包括资料的完整性、合规性和一致性。

技术审评：对符合要求的申请，NMPA将组织技术审评，对产品的安全性、有效性和质量可控性进行系统评价。

现场核查：根据需要，NMPA可能会组织对申请企业的实际场地进行勘察，以验证申请资料的真实性。

审批决定：在综合审查和技术审评结果的基础上，NMPA将作出是否准予许可的决定。对准予许可的，将颁发医疗器械经营许可证；对不予许可的，将书面说明理由。

需要注意的是，审批流程可能因具体政策调整而有所变化，因此企业在申请前应详细了解新的法规和政策要求。此外，对于医疗器械注册人、备案人经营其注册、备案的医疗器械，虽然无需办理医疗器械经营许可或备案，但仍需符合条例规定的经营条件。

综上所述，III类医疗器械的审批主要在NMPA进行，企业需要按照相关法规和流程提交申请并接受审查。