医疗器械临床试验申请需要经过以下部门的审批：

1. 伦理委员会：伦理委员会是负责审查医疗器械临床试验是否符合伦理要求的重要部门。申请者需要向伦理委员会提交试验方案和其他相关文件，以评估试验的伦理合规性、受试者的权益保护以及试验的风险和益处。伦理委员会会对试验方案进行审查，并给出是否同意开展试验的决定。

2. 国家药品监督管理局（或相应监管机构）：国家药品监督管理局是负责监管医疗器械的。在申请医疗器械临床试验时，申请者需要向国家药品监督管理局或其下属机构提交申请材料，包括试验计划、试验方案、研究者手册等。国家药品监督管理局会对申请材料进行审查，评估试验的风险程度、临床试验方案、临床受益与风险对比分析报告等，以决定是否同意开展临床试验。

3. 其他相关机构：根据具体情况，医疗器械临床试验申请可能还需要经过其他相关机构的审批，如临床研究机构、省级药品监督管理部门等。这些机构可能会对试验的设施、设备、人员等条件进行审查，以确保试验的顺利进行和受试者的安全。

需要注意的是，具体审批流程和要求可能因国家或地区的不同而有所差异。因此，在进行医疗器械临床试验申请前，建议咨询相关机构或人士，了解具体的审批流程和要求。