医疗设备公司申请CE认证时，需要准备的文件材料主要包括以下几个部分：

一、技术文件（Technical File）

1. 产品描述和规格：

2. 提供产品的详细描述，包括型号、尺寸、功能、用途等。

3. 提供所有技术规格，确保产品符合欧洲相关法规和标准。

4. 设计文件（Design Dossier）：

5. 包括医疗器械的设计描述、制造工艺、原材料选择、组件清单、装配图、CAD图纸等。

6. 性能评估报告（Performance Evaluation Report）：

7. 评估医疗器械的性能是否符合适用指令的要求，包括相关测试和数据分析结果。

8. 临床评估报告（Clinical Evaluation Report）：

9. 对于高风险类别的医疗器械（IIb和III类），需要提供临床评估报告，以评估其在人体上的安全性和有效性。

10. 风险分析报告（Risk Analysis Report）：

11. 对医疗器械进行全面风险评估的详细记录，包括对产品潜在风险的识别、评估和降低措施的描述。

12. 使用说明书（Instructions for Use）：

13. 提供医疗器械的使用说明书，确保用户能够正确、安全地使用产品。

14. 标签和包装样本（Labeling and Packaging Samples）：

15. 提供符合欧洲法规要求的标签和包装样本。

二、质量管理体系文件（Management System Documents）

1. 质量手册（Quality Manual）：

2. 概述公司的质量管理体系，包括质量方针、目标、组织结构等。

3. 程序文件（Procedure Documents）：

4. 提供质量管理体系的程序文件，如质量控制程序、不合格品处理程序等。

5. 工作指导书（Work Instructions）：

6. 提供生产、检验等关键作业的工作指导书。

7. 记录和报告（Records and Reports）：

8. 提供质量控制、设备验证、员工培训等相关记录和报告。

三、符合性声明（Declaration of Conformity）

四、其他文件（Other Documents）

注意：