二类医疗器械注册证办理流程如下：

1. 准备相关资质证明文件及申请表，包括产品综述材料、技术要求及标准、风险分析报告等。

2. 注册检测标准的判定。

3. 管理体系手册和程序文件修订。

4. 提交注册文件的预审。

5. 提交申报材料，省局受理处形式审查。

6. 省局审批后制证发证。

在办理过程中，需要遵循医疗器械安全有效的基本要求，确保开发过程规范，所有数据真实、完整、可追溯。申请表应使用中文，按照外国材料翻译的，应当同时提供原文，并且申请者对材料的真实性负责。

此外，根据《医疗器械监督管理条例》规定，医疗器械注册证有效期为5年，到期前需要申请延续注册。如果未能在有效期内申请延续注册，则需要在有效期届满后申请重新注册。

以上流程仅供参考，具体流程和要求可能因地区和产品而有所不同。建议到当地相关部门咨询或咨询人士，以确保准备的材料和流程符合相关法规和标准要求。